Das Europareferat im Zentrum für Mission und Ökumene koordiniert die Kontakte zu den 14 europäischen Partnerkirchen der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Norddeutschland. Sie liegen in insgesamt zehn Ländern. Partnerschaften bestehen zu den lutherischen Kirchen in Schweden, Polen, Rumänien, Litauen, Lettland, Estland, Kaliningrad, St. Petersburg, Kasachstan und den Niederlanden sowie zu den Diözesen Ely, Durham und Lichfield der Kirche von England und zur Russisch-Orthodoxen Eparchie (Diözese) St. Petersburg.

Damit pflegt das Referat auch Kontakte zu Kirchen, die nicht der lutherischen Konfession angehören: Zur anglikanischen Kirche von England und der Russisch-Orthodoxen Kirche. Seit 1957 besteht eine Städtepartnerschaft zwischen Hamburg und St. Petersburg. Aus dieser Beziehung heraus ist auch die Partnerschaft des Sprengels Hamburg-Lübeck der Nordkirche mit der Russisch-Orthodoxen Eparchie St. Petersburg und der Evangelisch-Lutherischen Propstei St. Petersburg gewachsen.

Das Europareferat will Partnerschaften von Gemeinden und Kirchenkreisen fördern, das Thema Europa verstärkt in die kirchliche Arbeit einbringen und die europäischen Partnerkirchen in Hamburg, Schleswig-Holstein und Mecklenburg-Vorpommern sichtbarer werden lassen.

Mit Mitteln des Kirchlichen Entwicklungsdienstes unterstützt das Zentrum für Mission und Ökumene in Osteuropa die Gemeindearbeit, Kinder- und Jugendarbeit, Frauenarbeit, Diakonische Projekte, die Kirchenmusik, den Wiederaufbau von Kirchen sowie die Ausbildung an den Hochschulen und theologischen Instituten.