Die IFI, die ihre historischen Wurzeln in der Gewerkschaftsbewegung gegen koloniale Einflussnahme und jede Art von Imperialismus hat, versteht das Evangelium als Stellungnahme für Arme, Verfolgte, ungerecht Behandelte und Marginalisierte. 2016 begann Präsident Duterte nach seiner Wahl den sogenannten „Krieg gegen die Drogen“. Beobachter vermuten, dass dieser Kampf mittlerweile nicht nur Drogenhändler ins Visier nimmt, sondern auch der Bekämpfung missliebiger Personen dient.
Innerhalb von drei Jahren wurden 200.000 Personen festgenommen und ca. 10.000 Menschen auf offener Straße erschossen. In vielen Fällen wurden die Leichen zur Abschreckung mit diffamierenden Botschaften versehen, oder kleine Beutel mit Drogen neben ihnen platziert. Dadurch sollen diese gesetzlich nicht gesicherten Exekutionen nachträglich legitimiert werden.
Die Iglesia Filipina Independiente hat als erste Kirche konsequent gegen die außergerichtlichen Tötungen protestiert und sich damit offen gegen die Politik des Präsidenten gestellt. Die IFI setzt sich dafür ein, die politische Situation durch Verhandlungen und Friedensgespräche zu deeskalieren, außerdem protestiert sie gegen Menschenrechtsverletzungen und Vertreibungen. Das Engagement der Kirche für den Schutz der Rechte von Minderheiten wie den Lumad wird von der Regierung als Affront verstanden, so dass die IFI jetzt selbst Zielscheibe von Anschuldigungen und Verfolgung ist.
Um die Kirche mundtot zu machen, wird sie als Schädling diffamiert, mit der New People´s Army gleichgesetzt und zum Feind der Gesellschaft erklärt. Mehrere Geistliche und Gemeindemitglieder der IFI sind in den letzten Jahren aus politischen Gründen erschossen worden, Festnahmen und offenbar fingierte Anklagen sind an der Tagesordnung. Das Zentrum für Mission und Ökumene unterstützt die Arbeit der IFI beispielsweise durch Information und Einbindung der deutschen Politik.
