Die lutherische Kirche im Nahen Osten ist erwachsen aus der Missionsarbeit deutscher evangelischer Christen im Heiligen Land, die im 19. Jahrhundert begann. Der schwäbische Pietist Theodor Schneller errichtete 1860 in Jerusalem das Syrische Waisenhaus als ein (Jungen-) Internat für christliche Kinder aus dem Libanon, die nach einem blutigen Massaker an Christen zu Waisen geworden waren.
Fast zeitgleich gründeten Theodor Fliedner und zunächst zwei Diakonissen aus Kaiserswerth im Jahre 1851 das Mädcheninternat Talitha Kumi in Jerusalem. Zwei weitere Kaiserswerther Diakonissen kümmerten sich um die Versorgung kranker Menschen und errichteten eine Krankenstation in Jerusalem. Bischof Samuel Gobat gründete zahlreiche Schulen, und seit 1852 wurde der Jerusalemsverein zur „Unterstützung deutscher evangelischer Einrichtungen in Palästina“ tätig.
Etliche Jungen und Mädchen aus diesen beiden Einrichtungen konvertierten im Konfirmandenalter oder als Erwachsene zur lutherischen Konfession, heirateten untereinander und gründeten evangelische Familien.
Die auf diese Weise evangelisch gewordenen arabischen Christen waren bis 1959 Mitglieder der deutschsprachigen evangelischen Kirche. Der Namenszusatz der Kirche „in Jordanien“ stammt aus dem Gründungsjahr der Kirche 1959, als die Westbank und Ost-Jerusalem unter jordanischer Herrschaft standen. Seit 1979 ist die ELCJ unabhängig und wird von einem arabisch-palästinensischen Bischof geleitet.
Die Palästinensischen Gebiete bezeichnen hier das Gebiet des Westjordanlandes (Westbank) und des Gazastreifens. Sie sind seit 1967 von Israel besetztes Gebiet. Die Geschichte der Palästinenser ist gekennzeichnet durch einen über einhundertjährigen Konflikt mit dem jüdischen Bevölkerungsteil im ehemaligen britischen Mandatsgebiet Palästina.
Im arabisch-israelischen Krieg von 1967 besetzte Israel Ostjerusalem, die Westbank, den Gazastreifen, die Golanhöhen und die Sinai-Halbinsel. Letztere wurde im Friedensabkommen mit Ägypten 1979 zurückgegeben, die Golanhöhen und Ostjerusalem annektiert. Während des zweiten palästinensischen Aufstands (Intifada) errichtete Israel ab dem Jahr 2003 eine Trennanlage, teils Zaun, teils Mauer, zum Palästinensischen Gebiet. Seither können Palästinenser aus der Westbank nur noch mit einer Sondergenehmigung der Militärbehörden nach Israel einreisen.
Auch die wirtschaftliche Entwicklung im Palästinensischen Gebiet ist durch die Einschränkung der Bewegungsfreiheit enorm beeinträchtigt. Verletzungen von Menschenrechten wie z. B. Inhaftierung Minderjähriger, Verhängung von Administrativhaft ohne Anklage, Hauszerstörungen und Verletzung von Völkerrecht wie z. B. Landraub und Enteignung sind laut der israelischen Menschenrechtsorganisation BeTselem (und vielen anderen) an der Tagesordnung.
